Fatih Özatay, ODTÜ Makine Mühendisliği Bölümü'nden 1978 yılında mezun oldu. Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demir Yolları'nda 1978-1979 yılları arasında mühendis, Devlet Planlama Teşkilatı'nda 1979-1985 yılları arasında uzman yardımcısı ve uzman olarak çalıştı. 1986 yılında Ankara Üniversitesi'nde iktisat doktorasını aldı.

Özel sektördeki iki yıllık deneyiminden sonra, Türkiye Cumhuriyeti Merkez Bankası Araştırma Genel Müdürlüğü'ne geçti. Uzman, ekonomist ve genel müdür yardımcısı olarak çalıştı. Şubat 1995'te Ankara Üniversitesi İktisat Bölümü'nde yardımcı doçent olarak görev almak üzere Türkiye Cumhuriyeti Merkez Bankası'ndan ayrıldı. Aynı yıl Kasım ayında doçent unvanını aldı. Ankara Üniversitesi haricinde ODTÜ ve Bilkent Üniversitesi'nde de ders verdi.1995-1999 yılları arasında Hazine Müsteşarlığı'nda Ekonomik Araştırmalar Genel Müdürlüğü'nde danışman olarak görev aldı. 2001 yılında profesör olduktan hemen sonra, beş yıllığına Türkiye Cumhuriyeti Merkez Bankası Başkan Yardımcılığı görevini üstlendi. Başkan Yardımcısı ve Para Politikası Kurulu'nun bir üyesi olarak para politikasının oluşturulması ile ilgili sorumluluğu paylaştı. Nisan 2006'dan 2008 başına kadar TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Dekanlığı görevini yürüttü. Halen aynı üniversitenin öğretim üyesi olan Fatih Özatay, aynı zamanda TEPAV Makroekonomi Çalışmaları Program Danışmanıdır.

Parasal krizler, makroekonomik modelleme, istikrar programları ve reform süreçleri ile ilgili ulusal ve uluslararası süreli yayınlarda ve kitaplarda çıkan çeşitli makaleleri bulunmaktadır. Bunlara ek olarak 1996'dan bu yana Radikal Gazetesi'nde, 2007 Şubat ayından itibaren ise Dünya Gazetesi'nde iktisat yazıları yazmaktadır. İlgi alanları istikrar programları, parasal ve finansal krizler, para politikaları ve reformlardır.