Emre Koyuncu, 2003 yılında Galatasaray Üniversitesi Endüstri Mühendisliği Bölümü'nden lisans derecesini aldı. Koyuncu, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Executive Master of Business Administration (MBA) Programı yüksek lisans derecesine de sahiptir.

1996 - 2004 yılları arasında Birleşmiş Kentler ve Yerel Yönetimler Birliği (UCLG-MEWA) ve Youth for Habitat'ta bulunduğu görevlerde Türkiye Yerel Gündem 21 Programı kapsamında yerel düzeyde kent konseyi ve gençlik meclislerinin geliştirilmesi çalışmalarında aktif olarak yer aldı.

Habitat için Gençlik Derneği Yürütme Kurulu, Güneydoğu Avrupa Gençlik Forumu Yürütme Kurulu, Birleşmiş Milletler Dünya Gençlik Forumu Uluslararası Planlama Kurulu, 9. Ulusal Kalkınma Planı Bölgesel Gelişmede Temel Araçlar ve Koordinasyon Özel İhtisas Komisyonu üyeliklerinde bulundu.

Türkiye Yerel Gündem 21 Programı (UN), Güneydoğu Anadolu Gençlik Sosyal Gelişim Programı (UN), Türkiye'de Yerel Demokratik Yönetişimi Teşvik amacıyla Sürdürülebilir İlişkiler Ağı Kurulması Projesi (UN), Belediyelerde İyi Yönetişim İlkelerinin Teşvik Edilmesi Projesi (MATRA), Hesap Verebilir Yerel Yönetişim İçin Kapasite Geliştirme Projesi (WBI), Ekonomik ve Sosyal Entegrasyon Projesi (EU), İç Göç Entegrasyon Projesi (EU), Şanlıurfa Sanayinin Yeniden Yapılandırılması Projesi (EU/UN) projelerinde idari görevlerde ve uzman olarak çalıştı.

TEPAV tarafından gerçekleştirilen Yerel Yönetimlerde Hizmet içi Eğitim, Köy Hizmetlerinin Yerelleştirilmesi, Yükseköğretim ve İşgücü Piyasasının Beklentileri Değerlendirme Çalışması, Sosyo Ekonomik Entegrasyon Konusunda Yerel Düzeyde Kurumsal Analiz Çalışması gibi araştırmalarda yer aldı.

UN-HABITAT programı tarafından yayınlanan "Habitat Gündemine Gençliğin Katkıları Üzerine Ulusal Raporlar" adlı kitabın editörlüğünü yaptı. Yerel Yönetimlerde Hizmet içi Eğitim, Belediye Bütçesi Nasıl İzlenir, Köy Hizmetlerinin Yerelleştirilmesi başlıklı kitapların eş yazarlığını yaptı.

İlgi alanları yerelleşme, stratejik yönetim, örgüt yapıları, bölgesel kalkınma ve yolsuzlukla mücadeledir.

Emre Koyuncu, 2005 - Şubat 2017 yılları arasında TEPAV Yönetişim Çalışmaları'nda görev almıştır.